A Junta Metropolitana do Porto (JMP) defende que as dificuldades financeiras da Empresa do Metro - que, no limite, poderão obrigar a suspender a operação nas linhas já em funcionamento - devem ser resolvidas com o "estabelecimento urgente de um regime de atribuição de indemnizações compensatórias" e com a utilização de fundos do QREN (Quadro de Referência e Estratégia Nacional) para reforçar o apoio do Estado a fundo perdido.

"É de grande risco admitir que possa persistir a situação de uma empresa de transportes públicos com 160 mil entradas em rede or dia, sem estimar, em concreto, as indemnizações compensatórias", sublinha a contra-proposta da JMP, lembrando que o contrato deve ser acordado a curto prazo, "independentemente das soluções a adoptar em matéria de estrutura de financiamento ou plano de investimentos". Sem um contrato definido, a empresa diz apenas receber "valores pouco mais do que simbólicos". E no primeiro ano de exploração (2003), não recebeu qualquer montante.

O mesmo documento aponta os fundos estruturais do QREN destinados a regiões de convergência como solução para garantir o imprescindível apoio a fundo perdido por parte do Estado. Uma ajuda que numa primeira fase do projecto se situava nos 42%, mas que, devido ao alargamento da primeira fase da rede, desceu para cerca de 22,5%. A JMP reforça que está em causa "a salvaguarda da actual e futura sustentabilidade da exploração do sistema".

Foi a própria Empresa do Metro, na análise à proposta do Governo (efectuada a pedido da JMP), que lembrou o facto de estarem a ser omitidas as duas questões - indemnizações compsensatórias e apoio a fundo perdido - que estavam a causar grandes dificuldades. O recurso à banca tem sido a alternativa encontrada , mas a empresa teme chegar, em breve, ao limite do endividamento, o que porá em risco a operação nas linhas actuais.