Grande parte da documentação dos submarinos desapareceu do Ministério da Defesa. Sumiram, em particular, os registos das posições que a antiga equipa ministerial de Paulo Portas assumiu na negociação.
"Apesar de todos os esforços e diligências levadas a cabo pela equipa de investigação, o certo é que grande parte dos elementos referentes ao concurso público de aquisição dos submarinos não se encontra arquivada nos respetivos serviços [da Defesa], desconhecendo-se qual o destino dado à maioria da documentação", escreveu o procurador João Ramos, do Departamento Central de Investigação e Ação Penal (DCIAP), em despacho de 4 de junho que arquivou o inquérito em que era visado apenas o arguido e advogado Bernardo Ayala (o processo principal continua em investigação).
Nos últimos anos, já tinha sido noticiado o desaparecimento de vários documentos do negócio concretizado, em 2004, quando Durão Barroso era primeiro-ministro e Paulo Portas ministro de Estado e da Defesa Nacional. Mas, agora, é o próprio Ministério Público não só a reconhecer o problema como a atribuir-lhe uma dimensão que vai para além dos casos pontuais já noticiados.