No centenário das aparições, em 2017, Francisco visitou pela primeira vez Fátima. Milhares assistiram na Cova da Iria, no dia 13 de maio, à canonização de Francisco e Jacinta Marto, crianças que considerou como "exemplo", tendo em conta "a força para superarem contrariedades e sofrimentos".
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Na sua visita de menos de 24 horas a Portugal, fez apelos à "paz e concórdia entre os povos".
Durante a sua presença no Santuário de Fátima, teve um encontro com o primeiro-ministro, António Costa, que lhe expressou a vontade de Portugal colaborar na promoção dos valores da proteção dos mais frágeis, como o acolhimento aos refugiados, a promoção da paz nas instâncias internacionais e o desenvolvimento de África.
Francisco reunira-se, logo à chegada a Monte Real, com o Presidente da República durante 10 minutos.
Durante as cerimónias de 13 de maio, o então bispo de Leiria-Fátima, António Marto, saudou a "voz profética" de Francisco, capaz de abater muros, de lançar pontes e de dar voz a quem não a tem.