São os Serviços de Informação de Segurança (SIS) e a Polícia Judiciária (PJ) que monitorizam todas as questões que se prendem com terrorismo e a comunidade muçulmana não é excepção.
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Fontes ligadas às investigações referem que de uma forma geral não há problemas com os muçulmanos em Portugal. Porém, o que mais preocupa os investigadores são os elementos externos à comunidade e que se deslocam esporadicamente ao país.
O encontro em Portugal do movimento Tabligh Jamaat é uma das alturas em que "as antenas" dos responsáveis estão em alerta, referem.
Apesar de apontarem os Tabligh como organização pacifista, os investigadores temem que estejam infiltrados radicais islâmicos que possam utilizar os encontros como um chapéu para actividades terroristas.
As autoridades não têm dúvidas em identificar as mesquitas de Odivelas, Laranjeiro e Palmela como os principais pontos de interesse, quando há enfoque no radicalismo islâmico. Porém, a profusão de pequenas mesquitas ou locais de culto como a mesquita do Bem Formoso, em Alfama, Lisboa, no Forte da Casa, em Vila Franca de Xira, Quinta do Mocho ou Fetais, ambas em Loures, são outro motivo de receio para as autoridades. Não tanto pelas actividades dos locais, mas antes pelos encontros que acontecem sem que os agentes percebam quais são os temas discutidos. A madrassa (escola islâmica) de Palmela é outro dos pontos sensíveis.
Apesar dos cuidados, tanto a PJ como o SIS têm boas relações com os líderes muçulmanos, com os quais, por vezes, trocam informações.