A Atlântica e a Portucalense não cumprem um dos requisitos de base para o funcionamento como universidade, já que não concluíram o número mínimo de doutoramentos.
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A lei exige "um ciclo de estudos de doutoramento em pelo menos três áreas diferentes". A solução poderá ser a passagem a politécnico, um caminho que nos últimos anos foi seguido por várias instituições de Ensino Superior.
As duas universidades, que se encontram em incumprimento, têm apresentado à A3ES pedidos de acreditação para ministrarem doutoramentos que, no entanto, têm sido negados por esta entidade independente, criada por Mariano Gago e a quem cabe avaliar e acreditar os cursos. O principal argumento da A3ES tem sido a escassa presença de doutorados entre o corpo docente.
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