Eunice Muñoz foi, ao longo da sua carreira, condecorada com as principais distinções honoríficas concedidas pela Presidência da República.
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A 13 de julho de 1981 é feita Oficial da Ordem Militar de Sant'Iago da Espada
Em 1991, celebram-se os seus 50 anos de Teatro, com uma exposição no Museu Nacional do Teatro, sendo Eunice condecorada, em cena aberta, no palco do TNDMII, pelo presidente da República, Mário Soares, com o grau de Grande-Oficial da Ordem do Infante D. Henrique.
A 8 de junho de 2010 é elevada a Grande-Oficial da Ordem Militar de Sant'Iago da Espada
Em 2011 foi condecorada com a Grã-Cruz da Ordem do Infante D. Henrique
Em maio de 2008 é agraciada com o Globo de Ouro de Mérito e Excelência
Em julho de 2009, conjuntamente com o ator Ruy de Carvalho, foi doutorada "honoris causa" pela Universidade de Évora.
Em 2015 a Academia Portuguesa de Cinema escolheu homenagear Eunice Muñoz com o Prémio Carreira.
Já neste ano de 2017, a 20 de janeiro, Eunice Muñoz esteve no Café Martinho da Arcada, em Lisboa, para ser homenageada pelos seus 75 anos de carreira. Teve sala cheia e uma ovação de pé.
Mais tarde, recebeu a Grã Cruz da Ordem do Mérito, em 2018, e a Grã-Cruz da Ordem Militar de Sant'Iago da Espada, em 2021.