Foi numa noite fria de janeiro de 1985 que o desporto português se despediu do Mestre. José Maria Pedroto, natural de Lamego e tripeiro de coração, transformou para sempre as realidades de Boavista e F. C. Porto, e não foi qualquer surpresa que a Invicta lhe prestasse a devida vénia na hora do adeus, quando foi sepultado no Mausoléu dos azuis e brancos no Cemitério de Agramonte. "Aqui repousam as glórias do F. C. Porto".
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Depois de vários meses a lutar contra a doença que o tirou, até, do banco de suplentes portista, José Maria Pedroto perdeu a derradeira batalha a 7 de janeiro de 1985 e as cerimónias fúnebres decorreram no dia seguinte. O Jornal de Notícias fez manchete com o acontecimento, escolhendo um título que demonstra bem o impacto que o mestre teve no desporto nacional. "Futebol, Clube e Porto no adeus a Pedroto", podia ler-se na primeira página da edição de 9 de janeiro, que dedicou três páginas ao antigo treinador de Académica, Leixões, Varzim, F. C. Porto, V. Setúbal, Boavista e V. Guimarães e da seleção nacional.
"A cidade parou para chorar Pedroto" era o título das páginas assinadas por Manuel Luís Mendes, Artur Miranda, Fernando Cardoso e Oliveira Lopes, que descreveram o percurso do Pavilhão das Antas, onde o corpo esteve em câmara ardente, até ao Cemitério de Agramonte. "Demorou mais de três horas o cortejo fúnebre a percorrer os mais de sete quilómetros, com milhares de pessoas. Era a despedida de um ídolo que nunca o quis ser! Foi uma prova impressionante do enorme pesar que todos sentiram. Era o reconhecimento popular para quem, em vida, soube merecer, na morte, tanto carinho", pode ler-se.
Quase todos os clubes portugueses se fizeram representar no funeral, bem como o vice-primeiro-ministro Mota Pinto, com a reportagem do JN a deixar um "lamento" pela ausência do então presidente da Câmara do Porto, Paulo Valada. Já no Cemitério de Agramonte, a "multidão aglomerou-se de tal maneira, que se geraram cenas indescritíveis, com coroas, palmas e ramos de flores a voarem sobre as pessoas e a serem colocadas noutras campas".
"Depois, todos se foram retirando. Porém, três figuras não arredavam pé, chorosas, junto à tumba. Eram elas Isabel Pedroto, Jorge Nuno Pinto da Costa e Fernando Gomes. Assim, abraçados e com as lágrimas nos olhos, a filha do técnico, o dirigente maior do clube e o capitão de equipa representavam bem, e de forma comovente, a perda que foi o desaparecimento de José Maria Pedroto".