O valor das comissões pagas pelos alemães à Escom foi uma das razões que levaram o DCIAP a extrair uma certidão do processo Portucale, para abertura de um inquérito autónomo.
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Como então notaram os procuradores Rosário Teixeira e Auristela Gomes Pereira, as comissões "ultrapassaram os 30 milhões de euros, com aparente desproporção face à real intervenção de tal empresa portuguesa no desenvolvimento do negócio". As suspeitas, sustentaram também os procuradores, "encontraram ainda eco em notícias publicadas na imprensa, segundo as quais, no concurso que levou à celebração de tal contrato, foi preterida outra concorrente que oferecia melhores condições". O escritório de José Miguel Júdice representava o concorrente derrotado e considerou o concurso "escandaloso". A meio, foi permitido ao concorrente alemão refazer a sua proposta, sustentou.
Por outro lado, o contrato dos submarinos coincidiu com alegados favores, investigados no Portucale, do último Governo ao Grupo Espírito Santo. Ora, "nas escutas telefónicas foram interceptadas algumas conversas mantidas entre Abel Pinheiro e Paulo Portas, na altura responsável pelo Ministério da Defesa e líder do CDS/PP, que reforçam as suspeitas da existência de acordos ou 'compromissos' secretos", escreveram os procuradores, ao justificarem a autonomização do processo dos submarinos.
Disto mesmo deu conta o JN, em 2007. Mas Portas indignou-se e, em conferência de imprensa (ver foto), veio anunciar que a directora do DCIAP, Cândida Almeida, lhe garantira que a notícia do JN era falsa, numa declaração escrita: "Esclarece-se que não se confirma a existência de qualquer intercepção telefónica que suporte o teor da notícia publicada", terá dito Cândida Almeida.